Pliki odczytywane tylko raz.

#include <iostream>
#include <fstream>
#include <conio.h>
#include <string>
#include <cstdlib>
#include <sstream>
using namespace std;

void zapisdo2( string plik2, const char * k )
{
    fstream plikos;
    plikos.open( "plik2.txt", ios::out );
    plikos << k << endl;
}

void zapisdo( string plik2, int k )
{
    fstream pliko;
    pliko.open( "plik2.txt", ios::out );
    pliko << k << endl;
}

void rozklad( int x ) // rozklad na czyyniki
{
    string plik2;
    int k = 2;
    while( x > 1 )
    {
        while( x % k == 0 )
        {
            zapisdo( plik2, k );
            x /= k;
        }
        ++k;
    }
}

void odczytpliku( string plik1 )
{
    string plik2;
    fstream plik;
    string linia;
    int z;
    plik.open( "plik1.txt", ios::in );
    if( plik.good() )
    {
        while( getline( plik, linia ) )
        {
            z = 0;
            int x = 0;
            for( unsigned int i = 0; i < linia.length(); i++ )
            {
                if( !isdigit( linia[ i ] ) )
                {
                    z = 1;
                }
            }
            if( z != 1 )
            {
                istringstream iss( linia );
                linia = x;
                rozklad( x );
            }
            else
            {
                const char * k = "blad wprowadzenia\n";
                zapisdo2( plik2, k );
            }
        }
    }
    else
         cout << "nie udalo sie wczytac";
   
}

int main()
{
    string plik1;
    odczytpliku( plik1 );
    return 0;
}