jak zrobić multiboot

Nie wnikając w szczegóły ze w przypadku NTLDR i np. dwóch Win XP było by to wykonalne (nigdy tego nie sprawdzałem), to każdy system powinien być na oddzielnej partycji.
Mówię powinien bo to wszystko zależy od boot loadera i systemu.

Załóżmy że napisałeś sobie jakiś system który instaluje się na dysku w wybranym katalogu, przykładowo "C:\MojOS", i nie instaluje on nic bezpośrednio na C:\, wszystkie pliki z jakich korzysta system (programy, dokumenty itp.) znajdują się właśnie w "C:\MojOS\" (C:\MojOS\Dokumenty, C:\MojOS\Programy itd.). Następnie masz swój boot loader który korzysta z pliku c:\systemy.ini (jest tam lista systemów i opcje ich uruchamiania). Teraz instalujemy drugi raz ten sam system, na tej samej partycji, jednak tym razem w katalogu "C:\MojOS2", nasz instalator oczywiście wykrywa że jest drugi system i do pliku c:\systemy.ini dopisuje nowy, a boot loader korzystając z tego pliku pozwala nam wybrać który system chcemy uruchomić. Dzięki temu że systemy nie korzystają z żadnych wspólnych lokalizacji czy plików wszystko będzie działać sprawnie. Tyle teorii, a zasada jest taka 1 partycja, 1 system.

czyli chodzi o wpis w jakimś tam pliku (w C: znalazłem plik bootmgr, chyba to to)?

W Windows vista i nowszych jest właśnie bootmgr i korzysta on z danych w pliku boot\BCD. Do edycji tego pliku służy np. program EasyBCD, lub wbudowany w windows BCDEdit.exe.

dobra, a teraz do dopełnienia wiedzy

program EasyBCD, lub wbudowany w windows BCDEdit.exe.

co oznacza BCD? Bo Binary Coded Decimal raczej nie pasuje..
Wbudowany w windows znaczy że uruchomię go sobie przez Uruchom.. ?

Wszystko o co pytasz znalazł byś w podanych prze mnie linkach.
BCD - Boot Configuration Data.
Tak program uruchomisz poprzez uruchom, chociaż lepiej przez CMD i do tego uruchom CMD w trybie administratora.